众所周知，中国的改革开放始于农村，改革最先是在农村取得突破。中改院1990年在筹备建院时就把农村问题作为重点研究课题，提出加快农村市场化推进农村经济全面改革，农村经济改革与发展的主题是结构变革与组织创新；1995年提出“关于深化农村经济改革建议”，建议实现农户土地使用权的长期化，鼓励农民增加对土地的中长期投入，使农民建立起对土地投入的良好收益预期。

        1998年1月完成了《中国农村土地制度的变革与创新》的研究报告，举办了“中国实行长期而有保障的农村土地使用权国际研讨会”，形成了“尽快实现农村土地使用权长期化的政策建议”，提出尽快赋予农民长期而有保障的农村土地使用权，加快农村土地使用权长期化立法，拓展农民土地使用权内涵，并给予制度确认和法律保障。呈报该建议时正值党的十五届三中全会《决定》起草期间，立即引起有关领导人的重视，时任国务院副总理的温家宝同志作了批示。起草三中全会《决定》时参考了此文，并直接采纳了“赋予农民长期而有保障的土地使用权”这一提法。

        2000年1月举办了“中国农村土地使用权立法和制度安排国际研讨会”，提出了“农村土地使用权立法的建议”。该课题的成果“尽快制定农村土地使用权法的建议”以及“农村土地使用权法的补充建议”被用作《中华人民共和国农村土地承包法》的参考材料，其中大部分内容被该法采纳。

         2002年1月，举办“中国农民土地使用权法律保障国际研讨会”，形成“把土地使用权真正交给农民”会议综述、“农民土地使用权立法再建议（15条）”等成果，在我国土地承包法的起草过程中发挥了一定的参考作用。

        2003年1月，举办“农村妇女权益保护暨农村改革新突破国际研讨会”，会后形成“我国农村改革发展又一次处在历史关节点上”，同时提出“给农民全面的国民待遇（7项建议）”，产生了广泛的影响。

        2003年7月31～8月1日，举办“中国农民权益保护国际研讨会”。提出“为农民提供基本而有保障的公共产品，推进城乡协调发展(12条建议)”。建议报告呈报国家发改委，相关领导批示此建议对研究城乡一体化课题有参考作用，并建议发在国家发改委主办的《信息》上。最近几年，中改院关注乡村治理与乡镇政府改革、统筹城乡发展等课题研究，进行了农民入户调查和专家问卷调查，并赴西部落后地区、东部发达地区及海南进行实地调研。

        2006年3月，举办“中国新农村建设：村治理与乡镇政府改革国际研讨会”，提出了“以统筹城乡发展为重点推进新农村建设的建议”；2006年11月举办“中国新农村建设：基本而有保障的公共服务国际研讨会”，形成了“推进以基本公共服务为主线的农村综合改革”；2007年12月，举办“新阶段的中国农村综合改革国际研讨会”，提出了“以统筹城乡发展为目标推进新阶段的农村综合改革”。